Le 30 juillet 2005, John Garang meurt dans un accident d’hélicoptère.

Ce jour-là, la rumeur courre à Nairobi, Khartoum et Rumbek (la capitale intérimaire du Sud-Soudan) : “Garang est porté disparu”. Puis, dans son édition du soir, la télévision soudanaise diffuse plusieurs informations contradictoires. Dans un premier temps, elle annonce que John Garang se serait posé sain et sauf dans un camp du Sud-Soudan. Ensuite, dans un deuxième communiqué, elle dit que les autorités ougandaises et soudanaises recherchaient l’appareil. Enfin, c’est tôt le lendemain qu’une annonce officielle signée par le Président soudanais (Omar El-Beshir) mettra fin aux rumeurs : “l’appareil du premier vice-président John Garang s’est écrasé après avoir percuté la chaîne de montagne des Amatonj au sud du Soudan, en raison de problèmes de visibilité, et il en a résulté la mort de John Garang et de 6 personnes qui l’accompagnaient ainsi que les 7 membres de l’équipage de l’appareil ougandais”.
L’annonce de son décès avait déclenché des émeutes meurtrières entre Soudanais du Nord et du Sud, de nombreux Sudistes ne croyant pas à la thèse de l’accident et accusant Khartoum et les opposants au processus de paix d’avoir pu causer le crash. John Garang avait été l’architecte de l’accord de paix de janvier 2005 qui avait mis fin à 21 ans de guerre civile entre le Nord et le Sud du Soudan, conflit qui aurait fait 2 millions de morts et 4 millions de déplacés. Il avait été désigné premier vice-président du Soudan 3 semaines avant sa mort.

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