Ce jour-là, soit trois ans après la signature de l’Accord d’Arusha (signé en août 2000 par le gouvernement du Président Buyoya, l’Assemblée nationale et 17 partis politiques), le principal mouvement rebelle burundais (CNDD-FDD) signe à son tour l’Accord global de Cessez-le-feu, mettant ainsi fin à 10 ans de guerre civile qui avait fait plus de 200.000 morts. L’accord définissait notamment les proportions dans lesquelles les combattants des FDD seraient représentés dans les corps de défense et de sécurité ; mais aussi de la participation des FDD dans les institutions. Il était notamment stipulé que l’état-major intégré et les corps des officiers seraient composés de 60% d’officiers en provenance de l’armée gouvernementale et 40% d’officiers provenant des FDD. En outre, l’accord octroyait au CNDD-FDD 4 ministères dont un ministère d’Etat, 15 sièges à l’Assemblée nationale, 3 postes de gouverneurs, 2 postes d’ambassadeurs, 30 postes d’administrateurs communaux et la direction de 20% des entreprises publiques.
Quelques semaines après la signature de l’accord (6 décembre 2003), Pierre Nkurunziza (alors numéro 1 du CNDD-FDD) débarqua à Bujumbura avec des centaines de combattants des FDD. Il fut nommé, dans la foulée, Ministre d’Etat chargé de la bonne gouvernance et de l’inspection générale de l’État (dans le gouvernement de transition du président Domitien Ndayizeye), devenant ainsi la 3ème personnalité du pays. Le 20 décembre de la même année, Adolphe Nshimirimana fut nommé́, par décret présidentiel, Chef d’État-major Général Adjoint de l’armée avec grade de Général de Brigade. Le 06 janvier 2004, les FDD intégrèrent officiellement l’Etat-Major Intégré (EMI) des Forces de Défense Nationale (FDN), le nom que devait porter la nouvelle armée nationale burundaise.
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