Le 24 mai 1965, Monseigneur Louis Van Steene de l’Archidiocèse de Bukavu présente sa démission au Pape. 

C’est ce jour-là que le tout dernier Archevêque blanc de l’Archidiocèse de Bukavu, dont la santé était fort ébranlée, présentait sa démission au Pape après avoir subi le choc de bien d’évènements douloureux (la rébellion muléliste). En attendant la désignation d’un successeur, c’est Monseigneur Busimba qui fut nommé Administrateur de l’Archidiocèse de Bukavu. Mgr Busimba choisit à son tour Monsieur l’Abbé Aloys Mulindwa Mutabesha Mugoma Mweru comme Vicaire Général avec mandat de la Nonciature de Léopoldville (Kinshasa). Et moins d’une année après arriva la nouvelle tant attendue : le samedi 29 janvier 1966, à 11h, le Nonce apostolique Jean-Marie Maury arriva à Bukavu pour communiquer officiellement la nouvelle de la nomination du nouvel Archevêque : Mgr Aloys Mulindwa. Il devint ainsi le tout premier prélat congolais à diriger l’Archidiocèse de Bukavu. Il détient aussi le record de longévité à la tête de l’Archidiocèse de Bukavu : de 1966 à 1993.